フリーダイヤルやDID番号をポートオーバーする場合、その番号のNRCやMRCの料金は発生するのでしょうか?

はい。 番号が Genesys Cloud Voice にポートされた後、Genesys Cloud Voice の価格 で指定されているように、NRC と MRC の両方の料金が発生します。